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Plasticité phénotypique et potentiel adaptatif chez le champignon phytopathogène Fusarium graminearum en réponse aux changements environnementaux

Ce projet de Thèse supervisé par Marie Foulongne-Oriol est cofinancé par la région Nouvelle Aquitaine et le Département SPE de INRAE.

Les changements climatiques sont susceptibles de modifier la dynamique des pathogènes affectant les grandes cultures. Disposer de connaissances sur la capacité d’évolution des agents pathogènes est indispensable pour anticiper l’émergence et/ou la propagation des phénomènes épidémiques. Le champignon filamenteux Fusarium graminearum est majoritairement responsable de la fusariose de l’épi sur céréales. De plus, ce champignon produit des mycotoxines extrêmement stables de type trichothécènes B, dont le déoxynivalénol, qui s’accumulent dans les grains en formation et se retrouvent potentiellement dans les produits alimentaires transformés. Étudier la capacité d’adaptation de ce pathogène répond à un enjeu économique et sanitaire majeur pour les cultures céréalières de demain. L’objectif de ce projet de thèse est d’étudier la plasticité phénotypique de F. graminearum en tant que composante de la réponse adaptative du champignon face à des stress abiotiques potentiellement liés aux changements climatiques (température, disponibilité en eau, concentration en CO2) Il s’agira d’une part de caractériser la plasticité phénotypique du champignon face à une gamme de variations de ces différents paramètres, et d’autre part d’en définir les déterminismes génétiques et moléculaires sous-jacents par des approches de génomiques des populations exploitant des collections de souches (génétique d’association) ou des descendances expérimentales (détection de QTL). La possible dimension épigénétique de la plasticité sera également ponctuellement abordée par la caractérisation de la plasticité de souches de F. graminearum délétées pour certains gènes cibles clés.

Présentation plus détaillée dans le fichier PDF 

Pour candidater merci d’envoyer à Marie Foulongne-Oriol (marie.foulongne-oriol@inrae.fr) (copie à florence.forget@inrae.fr), un CV détaillé incluant les coordonnées de 2 personnes référentes, ainsi qu’une lettre de motivation, avant Aout 2020.
Un entretien en visioconférence sera organisé courant août 2020, avec une possible visite en présentielle ensuite.