Potentiel adaptatif des espèces fusariennes toxinogènes (Fusarium spp.) face aux changements climatiques : représentativité, écophysiologie et interactions

De quoi s'agit- il ?

La fusariose de l’épi de blé (FHB pour Fusarium Head Blight) est une des maladies fongiques les plus préoccupantes sur les céréales du monde entier. La FHB est due à une contamination par différentes espèces fongiques du genre Fusarium, capables d’infecter le même épi de blé simultanément. En plus des pertes de rendement induite par la contamination, les espèces de Fusarium produisent des mycotoxines qui représentent un réel risque pour les consommateurs et les animaux, ce qui induit également un enjeu sanitaire.

Le complexe Fusarium / blé est en constante interaction avec l’environnement, les facteurs climatiques et les pratiques culturales appliquées aux champs influençant la dynamique des populations fusariennes ainsi que le risque mycotoxines associé. Ainsi, l’étude de l’évolution de la flore fongique toxinogène au champ sous différentes contraintes climatiques est un point clef pour la prédiction et la maitrise de la FHB. Afin de mieux comprendre la dynamique des espèces fusariennes ainsi que leur potentiel adaptatif face aux changements climatiques, le sujet de thèse se construit autour de deux axes principaux.

Dans un premier temps, l’évolution de la prévalence des espèces de Fusarium a été étudiée en France, sur les 15 dernières années. Une approche de métabarcoding a été développée pour caractériser l’occurrence des espèces fusariennes dans les échantillons de blé. Les profils de production des mycotoxines associés ont également été traités. Les dynamiques spatio-temporelles des espèces fusariennes et des mycotoxines ont ainsi été mises en évidence. Une large base de données a été utilisée afin d’étudier différents facteurs agronomiques et climatiques.

Dans un second temps, les caractéristiques écophysiologiques des principales espèces fusariennes a été étudiée en réponse à des variations environnementales telles que la température et la disponibilité en eau. La croissance et la production de mycotoxines ont été étudiées in vitro, pour les espèces fusariennes seules mais également en interactions.

Les résultats seront présentés au public présent et aux membres du jury désigné par l'Université de Bordeaux :

Mesdames Marie FOULONGNE-ORIOL, Chargée de recherche, INRAE (Villenave d'Ornon) ; Anne-Lise BOIXEL, Ingénieure de recherche, Université Paris-Saclay (Palaiseau) ; Cécile ROBIN, Directrice de recherche, INRAE (Cestas)

 et Messieurs Gaétan LE FLOCH, Professeur des universités, ESIAB (PLOUZANE) ; M. Matias PASQUALI, Associate Professor, Université de Milan (Milan, ITALIE) ; Michel HERNOULD, Professeur, Université de Bordeaux (Talence)