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Contacts : E-Mail elise.forgues@inrae.fr    Linkedin

Parcours :

Intriguée par la microbiologie depuis sa découverte de la discipline en licence à l’université Lyon 1, Elise a poursuivi ses études avec un master dans le domaine sur des sujets explorant les levures autant que les bactéries et les champignons que ce soit chez les insectes, l’Homme ou les plantes. Après avoir obtenue son master en microbiologie moléculaire pathogénie et écologie microbienne à Lyon, elle a traversé la France en large pour rejoindre le laboratoire INRAE-MycSA en fin 2023. Durant les trois ans de sa thèse, Elise effectuera une thèse sur l’impact de l’agroforesterie en grandes cultures sur les Fusarium spp. notamment sur l’espèce Fusarium graminearum principal responsable de la fusariose des épis de blés.

Descriptif de l’emploi et activités

Sujet de thèse : Impact de l'agroforesterie en grandes cultures sur les populations de pathogènes fongiques : quelles conséquences possibles pour la fusariose sur blé ?

Financement bourse : FRégion Nouvelle-Aquitaine

Encadrants : Marie FOULONGNE-ORIOL (directrice de thèse)

Résumé du projet de thèse

Dans le cadre du projet TETRAE AC²TION ; Le projet de thèse se propose d’étudier l’impact de l’agroforesterie associée aux cultures céréalières sur les populations de pathogènes fongiques responsables de la fusariose. La présence d’arbres à proximité des parcelles de blé peut induire des effets sur les pathogènes, soit directement en tant que réservoirs d’agents pathogènes, soit indirectement en modifiant les conditions microclimatiques favorables à leur développement. Ces deux hypothèses seront explorées à travers des approches de génomique des populations, à l’échelle interspécifique et intra spécifique. Il s’agira d’évaluer les flux possibles d’espèces fusariennes entre les compartiments végétaux et d’étudier dans quelles mesures la présence d’arbre peut influencer la dynamique des populations de pathogènes. Une étude de génomique comparative permettra d’identifier s’il existe d’éventuelles traces de spécialisation à l’hôte. Ces données seront également mises en regard des données microclimatiques disponibles par ailleurs pour identifier certains facteurs environnementaux déterminant dans la structuration des populations de pathogènes et le développement de la maladie. Les résultats acquis dans le cadre de ce projet de thèse viendront alimenter les connaissances scientifiques encore très restreintes sur l’épidémiologie de la fusariose à l’échelle d’un paysage agroforestier.

Mots-clefs : Fusarium spp., réservoir, génétique des populations, flux de gènes